Säätiön hallinnon järjestämisestä vastaa Säätiön sääntöjen mukaisesti valittu Säätiön hallitus. Säätiössä on lisäksi sijoitustoiminnan järjestämisestä vastaava finanssivaliokunta sekä museotoiminnan ohjauksesta vastaava museovaliokunta. Säätiön toimitusjohtaja vastaa säätiön päivittäisestä toiminnasta. Säätiön hallitukselle, sen valiokunnille sekä toimitusjohtajalle on vahvistettu työohjeet. Säätiön hallitus, valiokuntien jäsenet ja toimitusjohtaja eivät nosta palkkioita tehtävistään.
Säätiön hallitus nimitetään säätiön sääntöjen mukaan seuraavasti. Kolme hallituksen jäsentä ovat Mannerheimin itsensä nimittämien ensimmäisten hallituksen jäsenten seuraajia ja heidät valitaan edeltäjiensä toimesta. Hallituksen muut jäsenet koostuvat elinkeinoelämän, rahoitusalan ja metsäteollisuuden nimittämistä edustajista. Lisäksi hallitukseen kuuluu puolustusvoimain komentaja, Helsingin yliopiston kansleri sekä Suomen aateliston edustaja.
